Eesti Autismiühing loodi 1991.a. 1.juunil Tartus. Asutajateks oli 8 inimest, neist enamus lapsevanemad üle kogu Eesti. Alguses käidi lihtsalt koos ja vesteldi, sest tollal ei toiminud mingisugust psühholoogilist abi ning vanematel oli vaja kellegagi rääkida oma probleemidest. Samuti loeti ja tõlgiti igasuguseid kättesaadud materjale, et end veidigi harida autismi alal.
Esimesed seminarid, mis korraldati, olid tollal üsna akadeemilist laadi, põhiliselt käsitleti meditsiinilisi aspekte, hiljem lisandusid ka eripedagoogilisi aspekte käsitlevad teemad ning psühholoogilised küljed. Läbivaks teemaks neil seminaridel oli autismiga laste rehabilitatsioon, ning muu maailma kogemused autismiga laste õpetamisel ja rehabiliteerimisel. Aja jooksul lisandusid ka klubilised üritused tollases Sõbra majas, kes pakkus selleks tasuta ruume. Samuti sai alguse üks Eesti Autismiühingu praeguseni jätkuv traditsioon- laste jõulupidu, mis toimus tihedas koostöös tollase Tartu Lasteteatriga.
Tollased tihedad kontaktid välismaiste analoogiliste ühingute ja spetsialistidega tõid kaasa mitmete spetsialistide väljaõppe ja täiendamise, mis toimus eeskätt Rootsis.
Tänu 4 Zonta Klubile sai teoks Legoteeki rajamine Tartu Psühhiaatriakliiniku juurde. Zontalased annetasid õppevahendeid ja ka abistasid igati, samuti annetati Eesti Autismiühingule autismialane raamatukogu ja õppevideod.
Eesti Autismiühingu algatusel ja kaasabil sai loodud autismiga laste erirühm Tartu lasteaeda Meelespea. Praegu töötab rühm Tartu Lasteaias Nukitsamees.
Samuti avati esimesed autismiga laste klassid Tartu Herbert Masingu Koolis, mis on tänaseni jäänud eesrindlikuks koolis autismiga laste õpetamise alal.
Tihedad sidemed on erinevate katusorganisatsioonidega: algul Tartu Puuetega Inimeste Kojaga, seejärel Eesti Puuetega Inimeste Kojaga. Samuti jätkuvad kontaktid üleeuroopalise autismiorganisatsiooniga Autism-Europe, ning ülemaailmse organisatsiooniga Autism World Organization. Eesti Autismiühingu initsiatiivil ja abil loodi 1999.aastal ka algorganisatsioon Tartu Autismiühing.
Eesti Autismiühingu algatusel toimus Ivar Lovaasi käsiraamatu “Minu raamat. Arenguhälbega laste õpetamine ” tõlkimine, eestindamine ja väljaandmine.